Το Τμήμα Ψυχολογίας ιδρύθηκε το 1984 και άρχισε να λειτουργεί από το χειμερινό εξάμηνο του ακαδημαϊκού έτους 1987-88 στο Ρέθυμνο.

Είναι το παλαιότερο Τμήμα Ψυχολογίας που ιδρύθηκε στην ελληνική επικράτεια. (Συνέβαλε σε αυτό με τις ενέργειες της η αείμνηστος Ρεθεμνιώτισσα ψυχολόγος κ. Μ. Χουρδάκη, επίτιμος πρόεδρος του Τμήματος).

Αρχικά το Τμήμα αυτό, όπως και τα υπόλοιπα πανεπιστημιακά τμήματα της πόλης του Ρεθύμνου, στεγάστηκε σε κάποιο σχολικό συγκρότημα στην περιοχή των Περιβολίων. Από το Μάρτιο του 1998 μεταφέρθηκε στην νέα Πανεπιστημιούπολη στο Γάλλο που βρίσκεται περίπου 4 km από το κέντρο της πόλης του Ρεθύμνου.

Στο χώρο της νέας πανεπιστημιούπολης συγκεντρώνονται κατά βάση τόσο οι εκπαιδευτικές όσο και οι ερευνητικές δραστηριότητες του Τμήματος. Από το 2004 το Τμήμα χαρακτηρίζεται ως αυτοδύναμο διοικητικά.