Κάθε Πανεπιστήμιο έχει σαν κύρια όργανα τη Σύγκλητο και το Πρυτανικό Συμβούλιο. Και στα δύο προϊσταται ο Πρύτανης, ο οποίος είναι αιρετός με τριετή θητεία. Εκλογές κάθε 3 χρόνια γίνονται και για τους Αντιπρυτάνεις που συναποτελούν, με τον Πρύτανη, την Πρυτανική Αρχή και οι οποίοι είναι οι εξής:

    Αντιπρύτανης Οικονομικών Υποθέσεων και Ανάπτυξης
    Αντιπρύτανης Ακαδημαϊκών Υποθέσεων και Προσωπικού
    Αντιπρύτανης Φοιτητικής Μέριμνας και Υποδομών

Στη Σύγκλητο συμμετέχουν ο Πρύτανης, οι Αντιπρυτάνεις, οι Κοσμήτορες των Σχολών, οι Πρόεδροι των Τμημάτων, ένας εκπρόσωπος φοιτητών από κάθε τμήμα, εκπρόσωποι μεταπτυχιακών φοιτητών, όπως και ειδικό προσωπικό υπαλλήλων του Πανεπιστημίου. Οι συγκλητικοί φοιτητές είναι αυτοί που θα αναδείξουν τον εκπρόσωπο φοιτητών στο Πρυτανικό Συμβούλιο, όπου θα συμμετέχει παρουσία της Πρυτανικής Αρχής. Η Σύγκλητος ως το ανώτατο όργανο συνδιοίκησης του Πανεπιστημίου, συνεδριάζει και λαμβάνει αποφάσεις για όσα θέματα άπτονται της λειτουργίας του Ιδρύματος. Διαμορφώνει την εκπαιδευτική πολιτική και ασκεί τη γενική εποπτεία της λειτουργίας και της τήρησης του νόμου και του εσωτερικού κανονισμού του Ιδρύματος. Επίσης προτείνει τη συνεργασία με ελληνικά ή ξένα εκπαιδευτικά ιδρύματα και με επιστημονικούς και κοινωνικούς φορείς.