Σήμερα το Πανεπιστήμιο Κρήτης διαθέτει πέντε Σχολές: Φιλοσοφική, Κοινωνικών Επιστημών, Επιστημών Αγωγής στο Ρέθυμνο, και Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών, και Επιστημών Υγείας, στο Ηράκλειο.

Οι σχολές διαρθρώνονται σε δεκαεπτά Τμήματα, που καλύπτουν έναν ευρύτατο επιστημονικό χώρο. Στο Πανεπιστήμιο Κρήτης φοιτούν περίπου 14.400 προπτυχιακοί, 1.300 μεταπτυχιακοί φοιτητές, και 1500 υποψήφιοι διδάκτορες. Αντίστοιχα, το Διδακτικό και Ερευνητικό Προσωπικό όλων των βαθμίδων αριθμεί, κατά προσέγγιση, 500 μέλη, ενώ οι διδακτικές και ερευνητικές δραστηριότητες υποστηρίζονται από περίπου 90 Συμβασιούχους Διδάσκοντες (Π.Δ./407), 110 μέλη Ειδικού και Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΕΔΙΠ) και Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ), και 380 διοικητικούς υπαλλήλους.

Οι Σχολές του Ρεθύμνου λειτουργούν από το Μάρτιο του 1998 στην Πανεπιστημιούπολη Ρεθύμνου στην περιοχή Γάλλου. Τα κτίρια καλύπτουν έκταση 30.000 τ.μ. και εκτός των αιθουσών διδασκαλίας και γραφείων μελών Δ.Ε.Π. περιλαμβάνουν τη Βιβλιοθήκη, τα γραφεία διοίκησης, το Εστιατόριο, κυλικεία, γραφεία συλλόγων φοιτητών και νοσηλευτική υπηρεσία. Από το 2009 λειτουργούν στην Πανεπιστημιούπολη Γάλλου και τα νέα Διδακτήρια της Φιλοσοφικής Σχολής, σε έκταση 2.332 τ.μ.

Στο Ηράκλειο, στην περιοχή Βουτών, λειτουργούν η Ιατρική Σχολή (σε έκταση 24.000 τ.μ.), και τα Τμήματα Φυσικής, Βιολογίας, Χημείας (σε έκταση 25.000 τ.μ.) και από το έτος 2002 λειτούργησε και το Φοιτητικό Κέντρο. 

Τα υπόλοιπα Τμήματα, υπηρεσίες και το φοιτητικό εστιατόριο λειτουργούν στην περιοχή της Κνωσού, σε προκατασκευασμένες ως επί το πλείστον εγκαταστάσεις (27.000 τ.μ.), με προοπτική μετεγκατάστασής τους στην Πανεπιστημιούπολη Βουτών τα προσεχή έτη.

 

Το Πανεπιστήμιο Κρήτης διαθέτει μία εξαιρετικά πλούσια και οργανωμένη Κεντρική Βιβλιοθήκη, Μουσείο Φυσικής Ιστορίας, Αστεροσκοπείο, πολλά Ερευνητικά Εργαστήρια ενσωματωμένα στα Τμήματα. Παράλληλα, διατηρεί στενές σχέσεις με το Ινστιτούτο Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ) και το Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών, καθώς και δεσμούς με πολλά πανεπιστήμια και ερευνητικά ιδρύματα άλλων χωρών. Οι αξιολογήσεις του εκπαιδευτικού και του ερευνητικού έργου του Πανεπιστημίου Κρήτης από ανεξάρτητες αρχές και η σταδιοδρομία των αποφοίτων του αποδεικνύουν την ποιότητα της ακαδημαϊκής του λειτουργίας (Βλ. Εκθέσεις Εσωτερικής και Εξωτερικής Αξιολόγησης των Τμημάτων). Το Πανεπιστήμιο Κρήτης, ένα πανεπιστήμιο της ελληνικής περιφέρειας, έχει σημαντική θέση στο στερέωμα της ευρωπαϊκής έρευνας και της διεθνούς επιστημονικής κοινότητας, και παράλληλα διατηρεί στενούς δεσμούς με τον τόπο που το φιλοξενεί και την ελληνική κοινωνία.