Η Βιβλιοθήκη αποτελεί ενιαίο οργανισμό - και αυτό συνιστά μία από τις πολλές καινοτομίες που εισήγαγε στα εκπαιδευτικά μας πράγματα στα εικοσιπέντε χρόνια της λειτουργίας του το Πανεπιστήμιο Κρήτης.

Από την αρχή αποφασίστηκε να μην οργανωθούν χωριστά "σπουδαστήρια" κατά σχολή, τομέα ή γνωστικό αντικείμενο αλλά όλες οι συλλογές στο Ρέθυμνο και το Ηράκλειο να τεθούν υπό ενιαία διοίκηση και να ακολουθήσουν το ίδιο πρότυπο οργάνωσης.

Έτσι επιτεύχθηκε σημαντική εξοικονόμηση χώρου, καλύτερη διαχείριση οικονομικών πόρων και ανθρώπινου δυναμικού και επαρκέστερη εξυπηρέτηση του κοινού της.